Часто на флешках вирусы скрывают реальные файлы и папки, подставляя вместо них ссылки (ярлыки). Для исправления ситуации достаточно скопировать предложенный bat файл на флешку и запустить его. Все скрытые файлы и папки станут «видимы». После этого нужно просто удалить ярлыки, которые сделал вирус.
bat файл можно забрать здесь -> ссылка